抚司负责侦查士民百官，探查动向，有无反叛行为，控制舆论，搜集情报等维护皇权；外镇抚司负责对外侦查敌情，搜集舆图，绘测地形、策反拉拢，使间破坏等等。
    两个机构，两个镇抚使首领，一个对外，一个对内，彼此独立，互相监督互相牵制，这样可以有效的避免特务机关势大难制，超出皇帝掌控。同时为了避免新的特务机关产生难以控制的破坏力，重蹈锦衣卫的覆辙，朱由榔只给了内镇抚司侦查权，取缔了抓捕审判权。抓捕审判权暂时全部交给刑部和大理寺，外镇抚司权责相对较大，只要皇帝批准，必要时可秘密抓捕审讯敌方人员。
    其中内镇抚司掌印是在锄奸行动中立有重大功勋的原锦衣卫百户王康，王康是锦衣卫武职世家出身，祖上世代锦衣卫，精通侦查探秘，其本人也是个老特务，二十几年里先后侍奉过崇祯、弘光、隆武、永历，有着丰富的特务经验，唯一有点缺憾的是资历太浅，想要得堪大用，还需好好磨砺一番，蜀中无大将，暂时只能让廖化做先锋了。
    而外镇抚司掌印也是在锄奸行动中立有功劳的原锦衣卫魏广川，魏广川是个地理通，会说南方四五个省二十几种方言，各地的人物风俗，山川河流摸得清清楚楚，由他做外镇抚司掌印倒是十分合适。

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