四二年八月到一九四五年二月北野政次少将接任部队长，一九四五年三月到同年八月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。
    731部队分为八个部和四个支队
    第一部负责细菌研究，菊地少将为部长。
    第二部主要负责细菌试验，由太田大佐兼任部长。
    第三部负责细菌武器的制造，由江口中佐任部长。
    第四部负责细菌生产，由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
    第五部是总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是731部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
    第六部是训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。第七部是资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
    第八部则是诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
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