与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
    石井的细菌部队除了平房本部即731部队外，还有4个支队：
    162部队（林口支队）：设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。
    643部队（牡丹江或海林支队）：设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。　673部队（孙吴支队）：设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中佐。
    543部队（海拉尔支队）：设于海拉尔市，支队长加藤恒则军医少佐。
    319部队（大连细菌研究所）：设于大连市，前身为南满洲铁道株式会社卫生研究所，1939年划归731部队。
    731部队做的实验主要有以下几种：
    活体解剖：一个代号为“马路大”的特别项目进行人体试验：受试验者从中国的住民中抓来，也被称为“圆木”　(丸太）
    手榴弹试验：用人在不同的距离和位置进行手榴弹试验。
    冻伤试验：用来测试人在不同温度下抗寒程度。
    火焰喷射器实验：731部队将试验者关在
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