习惯本来就差异极大，二来日本已经发展出一套完整的宇宙观，天主教的创造主理论很难插进日本人的宇宙体系，传教士在面对掌握丰富知识的僧侣面前，便显得有点乏力。但是，质疑最多的就是：“如果天主这么善良，为何迟到现在才传来日本？如果天主这么慈悲，为何造不出不会犯罪的人类？为何善者得不到善报，而让恶人横行无忌？”等等诸如此类的问题。
    本能寺之变后丰臣秀吉先后击败各个敌对势力，成为日本最强大的大名。看到日本终将属于秀吉统治之下的传教士们，纷纷觐见秀吉，与其交好。1586年耶稣会传教士弗洛伊斯随同副教区长伽斯帕尔柯厄略巡视各地，并前往大阪谒见丰臣秀吉并赠送了大量礼物，同时也表达了对秀吉的敬意，也取得了秀吉对天主教在日本传播的支持。
    但好景不长，在丰臣秀吉讨伐九州期间，看到天主教在九州大名和民众中的强烈影响，感到不安，深恐产生一向宗那样的号召力，就立即毫无征兆的颁布了著名的“传教士追放令”，佛洛伊斯等人被迫离开京都前往天主教势力更为强大的九州。
    后来秀吉突然发布了传教士必须在日之内离开日本的著名的《伴天连追放令》。在发出伴天连追放令的第二天，秀吉就命令将长崎、浦上统统
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