以“大逆罪”处决罪犯津田三藏死刑，日方承担国际法上的政府责任，同时将内阁善后决定向日本明治天皇通报。日本天皇下令日本最高司法机关大审院火速组成特别法庭，对“大津案”进行审理。不过，日本司法机关与力主从严、从快、从重的政府行政机关，很快就如何适用刑法，产生严重分歧。
    当时的日本西化未久，在国际间仍然是一個国小力弱不起眼的小国，日本向來没有三權分立的传统，獨立的司法体系是在1890年日本宪法之下才誕生，才满一年就遭到如此重大的考验。
    日本内阁以案件牵涉日俄外交关系，俄国随时可能发动战争，且早有两国约定为由，主张非重判不可。新任大审院院长儿岛惟谦则就法言法，他提出，日本刑法第116条规定，凡加害日本天皇、皇后、皇太子等皇室成员者，不分未遂即遂，一律处以死刑。但这条加害皇室罪俗称“大逆罪”，只适用于保护日本皇室成员的人身安全，而非访日的外国皇室成员，后者地位与普通日本国民无异。本案只能按照普通杀人未遂罪，处被告终身监禁。
    刺杀俄国皇太子却不判死刑，日本人这一审判结果，彻底激怒了沙皇亚历山大三世，他立即颁布圣旨：“和日本开战，将所有日本男人抓回来当农奴！”(。
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