在咸丰十年（1860年），骆秉章打着“治蜀平乱”的旗号，带着刘蓉和一支不足万人的湘军入川，接任四川总督。他到四川后与太平军最为强悍的对手翼王石达开部进行了长达三年的决战。
    同治二年，石达开主力在与湘军激战时被曾与之结盟的彝族土司出卖，遭受重创，在大渡河南岸被困了40多天，仍无法突围，面临末路的绝境，迫不得已致函回应骆秉章的招降政策，坦陈“愿一人而自刎，全三军以投安”，希望“宥我将士，请免诛戮”。骆秉章接受石达开的请求，同意“投诚免死”。于是，石达开义无反顾地走向了湘军营帐，但是当6000余名太平军将士集体放下武器后，骆秉章却变卦了，他下令将200多名太平军将领和2000余名石达开的亲信士卒全部处死，其余4000多人尽数遣散，从此四川逐渐安宁。
    骆秉章在刘蓉的辅佐下，在四川大力整顿吏治，不拘一格任用贤能，经他的举荐，一批有才能、有抱负的湖南官员得以快速升迁，如蒋益澧、萧启江、刘长佑等，他们日后大多成为独当一面的大吏，控制了四川，他们命人详细考察各地的税收，防止贪官污吏私自增设税种盘剥百姓，看到民众因为连年遭遇战乱和起义暴动而十分清贫，压力巨大，骆秉章便减轻四川赋税
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