此后的四年中，一直坚持独立办学，拒绝与日本占领军合作，大学校园成为抗战师生的大本营，师生们在司徒雷登暗中支持下，从事着各种抗日活动，日本对此不是没有察觉，可司徒雷登的名望极高，美国政府极其关注，这让日本人投鼠忌器，毫无办法。
    太平洋战争爆发前夕，美国政府已经察觉战争有可能随时爆发，北平美国领事馆领事亲自拜会司徒雷登，希望他能离开北平到大后方去，但司徒雷登还是拒绝了。
    司徒雷登不是不知道危险即将来临，但他更清楚，作为燕京大学校长，他已经成为燕京大学所有学子心目中的抵抗象征，而燕京大学则是北平教育界的抵抗象征，作为大学校长的他，必须坚守岗位，战斗到最后一刻。
    太平洋战争爆发后，司徒雷登和燕京大学的所有外籍教师均被捕，不过他与其他人不同，美国也同样扣押了日本在美国的外交人员和侨民，美国政府在中立国瑞士，与日本政府按照外交惯例进行外交人员交换谈判。
    在谈判中，美国政府明确要求将司徒雷登列入交换名单，日本政府拒绝了这个要求，这提醒了日本政府，认为这是个奇货，应该留在要紧的时候发挥作用。正是基于这个判断，司徒雷登没有被送到潍县的集中营，而是被扣押在北平。

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