引发了冲突，造成了南京教案，对中国的传教事业造成了很大的打击，因此耶稣会也希望天主教总部能够在这些问题上放宽界限一些，特殊地点特殊对待。
    不过这两个问题在天主教总部中又引起了一场激烈的辩论。
    天主教是一个总称，低下大大小小还有几十个不同的分支教会，虽然耶稣会是最早在中国开展传教的天主教教会，在中国有很高的知名度，但在天主教内部，却是最不受待见的分支教会之一，原因就在于尽管耶稣会是反对新教，但却力主在天主教内部进行维新改革，这实际和新政的宗教改革思想非常接近，因此尽管耶稣会被天主教承认，但天主教总部对这个分支教会一直没有好感。
    另外耶稣会是天主教各分支教会中比较重视科学教育的，他们在欧洲兴办许多大学，培养出的学生除是耶稣会人才外，也活跃于政界与科学界，其中著名的科学家有笛卡儿、伽利略、达芬奇等人，在天主教内部以及其他新教都怀疑他们在建立某种秘密组织，有图谋不轨之心，因此在欧洲的许多国家都不喜欢耶稣会，甚致驱逐耶稣会的传教士，迫使耶稣会只能向欧洲以外的地方发展。
    吕宋地区的传教最初是由奥古斯丁会主导，而奥古斯丁会才是天主教最主要的分支教会之一，现在要
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