自已是顺应天命，称帝建国，同时并接受了皇帝受命之宝、皇帝奉天之宝两块玉玺大印，然后在天坛接受了文武百官的三叩九拜，齐声高呼万岁，连同守卫天坛的士兵、待女也都齐声欢呼，声震云霄，整个祭天仪式也全部结束。
    随后商毅才下了天坛，重新上辇，率领着文武官员们返回到南京城里，进行称帝仪式的第二阶段，这一阶段的事情都是在皇宫里进行。
    进入皇城第一道大门原来是叫洪武门，这时也正式更名为中华门，进入皇城变后，其他的官员都在承天门外等候，由十余名主要的大臣陪同商毅进入承天门，而这时叶瑶瑱也己头戴凤冠，身穿凤袍，在端门内等候。
    商毅更换了一套龙袍，由叶瑶瑱陪同，在社稷坛里拜祭各路神仙，又在太庙祭祖，正式将商氏先人的牌位供奉在祖庙里，并且建立商氏族谱，将商毅和叶瑶瑱的名字也填写在上面，这也像征商氏的宗庙正式成立。
    拜神祭祖之后，商毅和叶瑶瑱由午门进入紫禁城，在太和殿上等候，而在承天门外的大臣们也都依次列队，进入皇宫，商毅在太和殿上居中正座，接受众官员们的参拜，众官员们向商毅行三拜九叩大礼，齐呼三声万岁，然后由王夫之当众朗读建国诏书，以及国号、年号等等，这也表示中华帝国正
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