辖，属于小军区一类，行政级别相当于一个军，而吕宋舰队则归属于海军部，与五大分舰队同级。在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十七艘，按海军的战船划分，拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十一艘，五级护卫舰七艘。辅助战船七艘。
    不过舰队的人员缺额超过了一半，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
    这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都已经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治已经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
    而这时西班牙人已经彻底被中华军打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中华军的天下，而在这种强大的武力面前，还有谁敢和中华军作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，在耶稣会的传教士的劝说下，也都纷纷来到马尼拉城，向中华军表示臣服。
    等众人差不多聚齐之后，商毅首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死
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