剧情扑朔迷离，与x战警电影几乎没什么联系。
    据金刚狼所说，三个月前x学校的危机训练室（dangerroo）突然发生爆炸，爆炸炸塌了一所校舍，炸伤了在场不少人，但是没有人死亡，只是过后大家发现x教授与凤凰女——琴博士完全失去踪迹，现场却根本没有留下两人的遗体残骸，只是凭空失踪了。
    而危机训练室也就是电影《x战警3》中一开始那个可以模拟出巨型机器人的那个虚拟训练场，不过从它不必给每个人头戴仪器，在身体休眠状态下模拟训练这点看，无疑比我们所用的科技含量高出许多。这么高科技含量的东西在毫无征兆的情况下发生爆炸，无疑是出自于某些人的预谋。
    他们当初第一个怀疑的就是老对手万磁王，可惜却没有找到任何证据。而万磁王势力庞大，加上原本作为x战警队长的辐射眼在失去恋人琴博士后精神极度颓废，终日以酒度日难以振作起来，他们也没办法针对万磁王作出什么行动。
    x学校是慈善性质学校，原本就牟利不多，失去x教授后学校运转资金不到位还有越来越活跃的国会中反变种人政治势力的暗中设卡，学校终于办不下去而停止运营。暴风女、罗刹女、幻影猫、冰人、钢力士、夜行者等人也只能各自离去另
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