A初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。

    2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波零等人。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行他自己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE讹称NERV企图引发第三次冲击，挑动国联派出军队抹杀NERV，在国联部队占领了NERV后，SEELE发动了人类补完计划。

    EVA就像一幕幕的梦境堆叠呈现出一个少年的内心成长、受创、以及最後如何被补完的故事，所有的谜题、资讯不过只是过程之中出现的点缀，真正的本质是要观众理解「动画是虚幻的，还是滚回现实吧!」这个残酷的事实。

    安易觉得「动画是虚幻的，还是滚回现实吧!」这好像就是最后人类补完计划的诠释，在TV版的最后有[祝福
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